Jeśli odbywając specjalizację farmaceuta pracuje w niepełnym wymiarze czasu pracy, czas jej trwania ulega proporcjonalnemu wydłużeniu. Kończący ją egzamin państwowy można zdawać najwyżej 3 razy. Trzeci termin przystąpienia do egzaminu, który jest terminem ostatecznym, musi być wyznaczony nie później niż 3 lata od daty zaliczenia specjalizacji przez kierownika specjalizacji.
Farmaceuci, którzy rozpoczęli specjalizację przed 25 czerwca 2003 roku, odbywają ją i składają egzaminy według dotychczasowych zasad, w przypadku "jedynki" do końca 2008 r., a w przypadku "dwójki" do końca 2009 r.