Ostateczna wersja planu na 2006 roku została przygotowana - zgodnie z zaleceniami premiera Marka Belki - przez prezesa NFZ Jerzego Millera według algorytmu zatwierdzonego w sierpniu przez Marka Balickiego. Szef rządu uznał, że projekt planu został przekazany ministrowi zdrowia przez fundusz w ustawowym terminie (według ministra M. Balickiego, fundusz spóźnił się o jeden dzień). Polecił jednak Jerzemu Millerowi dokonanie autopoprawki polegającej na uwzględnieniu w przyszłorocznym planie skutków rozdysponowania 66 mln zł z rezerwy ogólnej funduszu pomiędzy trzy województwa: lubuskie, podkarpackie i warmińsko-mazurskie.
Prezes NFZ już dwukrotnie wnioskował do ministra zdrowia o rozwiązanie rezerwy ogólnej. W lipcu poprosił o zgodę na uruchomienie blisko 190 mln zł, ale nie otrzymał żadnej odpowiedzi. Drugi wniosek złożony został 6 września i dotyczył kwoty 228 mln zł, która miała być rozdysponowana pomiędzy wszystkie województwa. Marek Balicki zgodził się na uruchomienie tylko wspomnianych wyżej 66 mln zł.
Zatwierdzony 20 września przez szefa resortu zdrowia plan NFZ na rok 2006 zakłada, że oddziały wojewódzkie będą dysponowały łącznie 33,6 mld zł, czyli kwotą o ok. 5,1 proc. większą niż przewidywał to tegoroczny plan funduszu (stan na 10 sierpnia).
Najkorzystniej wypadł on dla województw: łódzkiego i lubelskiego, które mają otrzymać ok. 9 proc. więcej pieniędzy w porównaniu do tego roku. Znaczny wzrost nakładów zaplanowano też w przypadku woj. wielkopolskiego (blisko 8 proc.), podlaskiego i zachodniopomorskiego (ok. 7 proc.), kujawsko-pomorskiego i małopolskiego (6 proc.), opolskiego i dolnośląskiego (ok. 5 proc.). Pomorze może liczyć na 3,7 proc. wzrost, a Mazowsze dostanie do dyspozycji o 3,4 proc. więcej pieniędzy na leczenie.
W przypadku pięciu województw: lubuskiego, podkarpackiego, świętokrzyskiego, warmińsko-mazurskiego i śląskiego budżety oddziałów NFZ będą większe o 3 procent.