Głównym celem tego interdyscyplinarnego ośrodka badawczego – pierwszego tego typu w Polsce - jest poszukiwanie nowych sposobów farmakologicznego leczenia chorób cywilizacyjnych, takich jak np. miażdżyca i zawał, cukrzyca, choroby zapalne wątroby i choroby nowotworowe (aspekt przerzutowości). Dyrektorem JCET jest prof. Stefan Chłopicki z Wydziału Lekarskiego UJ CM.

JCET przez najbliższe cztery lata będzie realizowało wspólnie z różnymi jednostkami UJ i innymi 10 ośrodkami badawczymi w Polsce projekt badawczy pod nazwą „Śródbłonek w chorobach cywilizacyjnych”, o łącznej wartości ponad 60 mln zł. W planach jest rozszerzenie unikatowej specjalizacji w zakresie innowacyjnej farmakologii śródbłonka i ściany naczyń krwionośnych oraz osiągnięcie statusu ośrodka liczącego się w tym zakresie w Europie.

Laboratoria JCET powstały w wyniku współpracy trzech partnerów: Politechniki Łódzkiej, Instytutu Fizyki Jądrowej im. H. Niewodniczańskiego PAN w Krakowie oraz Uniwersytetu Jagiellońskiego, który jako lider projektu m.in. kupił za środki przekazane z funduszy uniijnych aparaturę badawczą o wartości ok. 22 mln zł, a na adaptację laboratoriów JCET przeznaczył ok. 5,5 mln zł. W strategicznym projekcie badawczym koordynowany przez JCET biorą udział zespoły z trzech jednostek partnerskich oraz z 10 innych ośrodków badawczych z całej Polski, m.in. uczelni medycznych w Łodzi, Białymstoku,Wrocławiu i Gdańsku.

Zadniem JCET będzie także rozwijanie współpracy z przemysłem w zakresie nowych strategii badania oddziaływania leków na ściany naczyń krwionośnych, dlatego też laboratoria powstały w Parku Technologicznym UJ.