Amerykańska Agencja ds. Żywności i Leków (Food and Drug Administration) poinformowała, że leczenie przeciwgrzybiczne wysokimi dawkami (400-800 mg/dobę) flukonazolu podczas pierwszego trymestru ciąży może być związane z rzadkimi wadami rozwojowymi u płodów. Z tego powodu flukonazol w wysokich dawkach został przesunięty z kategorii C do kategorii D.

Ryzyko to nie występuje w przypadku jednorazowego podawania niskiej dawki flukonazolu (150 mg) w celu leczenia kandydozy pochwy.
Eksperci zalecili lekarzom rozważenie zaprzestania terapii wysokimi dawkami flukonazolu u pacjentek będących w ciąży oraz u kobiet planujących zajście w ciążę.