W uzasadnieniu swojej decyzji Rada Konsultacyjna AOTM wskazała, iż nie wykazano przekonywująco przewagi efektywności klinicznej fondaparynuksu nad dostępnymi preparatami w terapii długoterminowej zalecanymi w wytycznych klinicznych. W bezpośrednich badaniach klinicznych, fondaparynuks zwiększał ryzyko działań niepożądanych związanych z krwawieniem. W stanowisku podkreślono również, iż obecnie we wnioskowanych wskazaniach dostępne są już dwa innowacyjne- skuteczne w ocenie Rady Konsultacyjnej - produkty dabigatran oraz ryworaksaban.
AOTM przypomniał również, że w stanowisku z 22 grudnia 2008 roku, Rada Konsultacyjna rekomendowała niefinansowanie ze środków publicznych fondaparynuksu w przedłużonej profilaktyce żylnej choroby zakrzepowo-zatorowej u pacjentów po dużych zabiegach chirurgicznych. Wówczas argumentowała to porównywalną skutecznością opiniowanego preparatu i heparyn drobnocząsteczkowych przy większym ryzyku krwawień u pacjentów otrzymujących fondaparynuks i większych kosztach leczenia.
Fondaparynuks sodu jest syntetycznym i selektywnym inhibitorem czynnika X (Xa). Neutralizuje działanie czynnika Xa przez co przerywa kaskadę krzepnięcia krwi i hamuje powstawanie trombiny oraz tworzenie zakrzepu. Po raz pierwszy fondaparynuks został dopuszczony do obrotu 21 marca 2002 roku.