Za priorytety wakcynologii uznano opracowanie szczepionki przeciwko AIDS, malarii i innym chorobom tropikalnym np. trądowi. Skuteczna szczepionka przeciwko AIDS jest jeszcze – zdaniem specjalistów – kwestią dosyć odległą, natomiast szczepionka przeciwko malarii mogłaby powstać już w ciągu najbliższych 5 lat, gdyby udało się zintensyfikować i skonsolidować wszystkie wysiłki. Konieczne jest jednak zwiększenie nakładów finansowych na badania nad nowymi szczepionkami, a także wzmocnienie zaufania do tej formy profilaktyki zdrowotnej. Zdaniem ekspertów, społeczna niechęć do szczepień wynika z niewielkiej świadomości na temat chorób, przed którymi chronią szczepionki np. krztuśca czy polio.

Odrębnym, równie ważnym kierunkiem w rozwoju wakcynologii są szczepionki na choroby nieinfekcyjne np. przeciwko cukrzycy typu 1 lub nowotworom.