Przy przejmowaniu kolejnego szpitala napotykamy jeden podstawowy problem: niemal każdy korzysta z kilku różnych systemów i oprogramowania – inny program rozlicza z NFZ, inny obsługuje aptekę, kolejny – ruch chorych, księgowość itd. Prowadzi to do tego, że te same dane są wpisywane wielokrotnie, a różne działy nie mają możliwości „podejrzenia” ważnych informacji zgromadzonych w innej części szpitala. Nierzadko część pracy szpitala w ogóle nie jest zinformatyzowana i wszystko robi się na papierze.

Możliwość porównania sytuacji w wielu różnych placówkach, zwłaszcza tych, gdzie informatyzacja utknęła na jakimś etapie, ułatwia wskazanie najczęstszych błędów. Są to: brak audytu i rozpoznania rzeczywistych potrzeb szpitala w zakresie informatyzacji, brak planu informatyzacji i rzetelnego kosztorysu, kupowanie zbyt rozbudowanego oprogramowania, którego możliwości są wykorzystywane jedynie w kilkunastu procentach, niedocenianie „czynnika ludzkiego” – zaniedbanie podstawowych szkoleń z obsługi komputerów dla personelu. Zapomina się, że część personelu medycznego ma w ogóle problem z korzystaniem z komputerów. A oprogramowanie szpitalne, na przykład obsługujące ruch chorych, bywa dość skomplikowane.

Problemem jest też to, że pracownicy, którzy mają korzystać z programów, nie przyznają się do swojej niewiedzy, nie zwracają się do nikogo o pomoc. W efekcie dane są wprowadzane błędnie albo w ogóle i następuje przerzucanie odpowiedzialności. Nie jest sztuką kupić i zainstalować oprogramowanie, sztuką jest przekonać ludzi, że warto z niego korzystać i nauczyć ich tego.