Plan finansowy NFZ na 2009 rok zakłada wydatki na apteczną refundację leków w wysokości 7 mld 375 tys. zł (w roku bieżącym 7 mld 412 tys. zł). Plany te są niepokojące w związku ze wzrostem zapotrzebowania na leki, co jest spowodowane starzeniem się społeczeństwa. Jednocześnie nowoczesna farmakoterapia jest coraz bardziej kosztowna.
W Polsce udział wydatków publicznych na apteczną refundację leków w wydatkach całkowitych na ochronę zdrowia systematycznie maleje: w 2003 roku wynosił 20,1 proc., a w 2007 roku już 16 proc. Od 2003 roku koszt refundacji wzrósł o 23 proc., podczas gdy nakłady na inne świadczenia zdrowotne wzrosły o ponad 100 proc.
Wobec zapowiedzi resortu zdrowia wpisania na listy leków refundowanych większej liczby leków innowacyjnych, spadek nakładów na refundację może oznaczać większy udział pacjentów w kosztach farmakoterapii, co z kolei może prowadzić do zaniechania terapii lekowych przez chorych, a jednocześnie zwiększenia kosztów hospitalizacji.